物流公司主要归 交通运输部和工商行政管理局管理。具体来说：
交通运输部：
负责优化交通运输布局，发挥整体优势和组合效率，加快形成便捷、通畅、高效、安全的综合运输体系。根据《中华人民共和国道路交通安全法》第五条，国务院公安部门负责全国道路交通安全管理工作，而县级以上地方各级人民政府公安机关交通管理部门则负责各自行政区域内的道路交通安全管理工作。此外，《中华人民共和国道路运输条例》第四十三条也规定，道路货物运输站（场）经营者必须按照国务院交通主管部门规定的业务操作规程进行装卸、储存、保管货物。
工商行政管理局：
负责物流公司的登记注册和日常监管，确保其合法经营。物流企业在注册时，需要向工商局提交相关资料，包括企业名称预先核准申请表、地址信息、高管信息、经营范围等，并经过工商部门的审核批准。
除了上述两个主要部门外，物流公司的运营还可能受到市场监管、税务等其他相关部门的监管，以确保其合法经营和合规操作。
综上所述，物流公司既受到交通运输部的行业监管，也需遵守工商行政管理局的登记注册和市场监管要求。
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